การแบ่งส่วนราชการและหน้าที่ กองบิน ๒ แบ่งส่วนราชการเป็นดังนี้

• กองบังคับการ  เป็นการบริหารจัดการ และปกครองบังคับบัญชาของผู้บังคับการกองบิน ๒ รวมทั้งอำนวยการ ประสานงาน ควบคุม กำกับการ และดำเนินการให้เป็นไปตามภารกิจของกองบิน มีหน่วยงานประกอบด้วย  ๑.  แผนกธุรการ / ๒.  แผนกกำลังพล / ๓.  แผนกการข่าว / ๔.  แผนกยุทธการ / ๕.  แผนกส่งกำลังบำรุง / ๖.  แผนกกิจการพลเรือน / ๗.  ฝ่ายเทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร / ๘.  หมวดจัดหา

• แผนกการเงิน  มีหน้าที่ดำเนินการเกี่ยวกับการเบิกเงิน การรับจ่ายเงิน การเก็บรักษาเงิน การบัญชีและหลักฐานประกอบบัญชี ตลอดจนหลักฐานอื่น ๆ ในความรับผิดชอบให้เป็นไปตามระเบียบแบบแผนของทางราชการ มีห้วหน้านายทหารการเงิน เป็นผู้บังคับบัญชารับผิดชอบ

• ฝูงบิน ๒๐๑ รักษาพระองค์  มีหน้าที่ ปฏิบัติการใช้กำลังทางอากาศ มีผู้บังคับฝูงบิน ๒๐๑ รักษาพระองค์ เป็นผู้บังคับบัญชารับผิดชอบ

• ฝูงบิน ๒๐๓  มีหน้าที่ ปฏิบัติการใช้กำลังทางอากาศ มีผู้บังคับฝูงบิน ๒๐๓ เป็นผู้บังคับบัญชารับผิดชอบ

• กองพันทหารอากาศโยธิน  มีหน้าที่ เตรียมและใช้กำลัง และรักษาความปลอดภัยที่ตั้งทางทหาร การรักษาการณ์ การต่อสู้ป้องกันการโจมตี
  ทางอากาศ และปกครองบังคับบัญชาข้าราชการและทหารกองประจำการ ตลอดจนดำเนินการเกี่ยวกับงานด้านฝ่ายอำนวยการ การธุรการ การสารบรรณ การกำลังพล การข่าว การยุทธการ การส่งกำลังบำรุง มีผู้บังคับกองพันทหารอากาศโยธิน เป็นผู้บังคับบัญชารับผิดชอบ

• แผนกสนับสนุนการบิน  มีหน้าที่ ดำเนินการเกี่ยวกับการข่าวอากาศ และการบังคับการบิน มีหัวหน้าแผนกสนับสนุนการบิน เป็นผู้บังคับบัญชา
  รับผิดชอบ

• กองเทคนิค  มีหน้าที่ ดำเนินการซ่อมบำรุงขั้นหน่วยและขั้นกลาง เกี่ยวกับเครื่องยนต์ บริภัณฑ์อากาศยาน อุปกรณ์และบริภัณฑ์สรรพาวุธ บริภัณฑ์อิเล็กทรอนิกส์ บริภัณฑ์สงครามอิเล็กทรอนิกส์ อุปกรณ์สื่อสารอิเล็กทรอนิกส์ การปฏิบัติการสื่อสาร เก็บรักษา บริการ ควบคุม จัดทำบัญชี และ สถิติการเบิก - จ่ายเชื้อเพลิง มีหัวหน้ากองเทคนิค เป็นผู้บังคับบัญชารับผิดชอบ

• โรงพยาบาลกองบิน  มีหน้าที่ดำเนินการตรวจและรักษาพยาบาลให้ข้าราชการ ทหารกองประจำการ ลูกจ้าง ครอบครัว ตลอดจนประชาชนที่มาขอรับการรักษา ดำเนินการด้านเวชศาสตร์ป้องกัน แนะนำในด้านเวชศาสตร์การบิน มีผู้อำนวยการโรงพยาบาลกองบินเป็นผู้บังคับบัญชารับผิดชอบ

• แผนกช่างโยธา  มีหน้าที่ดำเนินการเกี่ยวกับการช่างโยธา สำรวจ กำหนดผัง ออกแบบ ประมาณราคาในการก่อสร้าง ควบคุมดูแลสิ่งปลูกสร้างของทางราชการ ก่อสร้างและซ่อมบำรุงสิ่งปลูกสร้าง การสาธารณูปการ ไฟฟ้า ประปา เครื่องปรับอากาศ ซ่อมบำรุงเครื่องทุนแรงและบริภัณฑ์
  ช่างโยธา ตลอดจนการดับเพลิงและกู้ภัยอากาศยาน มีห้วหน้าแผนกช่างโยธาเป็นผู้บังคับบัญชารับผิดชอบ

• แผนกขนส่ง  มีหน้าที่ดำเนินการเกี่ยวกับการให้บริการยานพาหนะ การซ่อมบำรุงยานพาหนะขั้นหน่วยและขั้นสนาม เบิกจ่ายพัสดุยานพาหนะ
  สายขนส่ง แนะนำกำกับดูแลทางวิชาการเกี่ยวกับกิจการขนส่ง ช่างพาหนะ ประสานงานกับหน่วยงานต่าง ๆ ในการขนส่ง มีหัวหน้าแผนกขนส่ง
  เป็นผู้บังคับบัญชารับผิดชอบ

• ฝ่ายพลาธิการ  มีหน้าที่ดำเนินการเกี่ยวกับการจัดหา สะสม เก็บรักษา แจกจ่าย ส่งคืนอุปกรณ์ และสมุดรายการต่าง ๆ สายพลาธิการ การจัดเลี้ยงรับรอง และการจัดสถานที่ในงานพิธีต่าง ๆ มีหัวหน้าฝ่ายพลาธิการเป็นผู้บังคับบังคับบัญชา

• แผนกสวัสดิการ  มีหน้าที่ดำเนินการเกี่ยวกับการสวัสดิการ การบำรุงขวัญ การส่งเสริมสวัสดิภาพ การสงเคราะห์ การกีฬา การฝึกอาชีพ การไปรษณีย์ การพักผ่อน การบันเทิง และการฌาปนกิจสงเคราะห์ มีหัวหน้าแผนกสวัสดิการเป็นผู้บังคับบัญชารับผิดชอบ

• กองร้อยทหารสารวัตร  มีหน้าที่ดำเนินการเกี่ยวกับการสารวัตรทหาร การเรือนจำ การควบคุมการผ่านเข้า - ออก และการพักอาศัย มีผู้บังคับ
  กองร้อยทหารสารวัตรเป็นผู้บังคับบัญชารับผิดชอบ